Руководитель - Мухин Вячеслав Анатольевич
Заместители руководителя филиала
Соколов Константин Михайлович
Карсаков Алексей Леонидович
Ученый секретарь - Пестрикова Лариса Ивановна
Отдел международного сотрудничества
- Лаборатория морских биоресурсов
- Лаборатория биоресурсов внутренних водоемов
- Отдел инструментального обеспечения исследований
- Отдел морских млекопитающих
Центр экологического мониторинга:
- Лаборатория промысловой океанографии
- Лаборатория гидробиологии
- Лаборатория аквакультуры и болезней гидробионтов
- Лаборатория химико-аналитических исследований
Центр экспедиционных исследований:
- Научно-экспедиционный отдел
- Отдел безопасности мореплавания и и технической эксплуатации флота
Лаборатория нормативного обеспечения рыболовства
Отдел компьютерных технологий
Отдел кадров
Планово-экономический отдел
Правовая группа
Отдел делопроизводства
Группа по защите государственной тайны
Бухгалтерия
Центр материально-технического обеспечения
- Отдел материально-технического обеспечения и закупок
- Группа материально-технического обеспечения
- Группа закупок
- Эксплуатационно-технический отдел
- НЭБ Ура-губа, Варзуга, Палкина, Кислая