Основными направлениями деятельности Полярного филиала в настоящее время являются:
- проведение исследований и государственного мониторинга водных биологических ресурсов (ВБР) Мирового океана, включая наблюдения, сбор, обработку и обобщение информации за распределением, численностью, качеством и воспроизводством водных биологических ресурсов, а также за средой их обитания;
- оценка воздействия на водные биологические ресурсы;
- выполнение прикладных научных исследований;
- оценка состояния запасов сырьевых ресурсов морских, проходных и пресноводных рыб, морских млекопитающих, беспозвоночных, водорослей в морях Северо-Европейского бассейна, в Северной Атлантике и во внутренних водах Российской Федерации, разработка (корректировка) материалов, обосновывающих общие допустимые уловы (ОДУ) водных биоресурсов, и материалов, обосновывающих рекомендованные (возможные) объёмы добычи (вылова) водных биоресурсов, ОДУ которых не устанавливается;
- разработка аналитических и методических документов, обеспечивающих рациональное использование водных биоресурсов;
- участие в национальных и международных научных форумах, а также научное обеспечение интересов Российской Федерации в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов, в том числе в рамках межгосударственных соглашений;
- разработка мероприятий по сохранению водных биоресурсов и среды их обитания;
- экологическое сопровождение инженерных изысканий;
- рациональное использование водных биологических ресурсов на основе исследования технохимического состава и биохимических показателей гидробионтов;
- создание нормативной базы, обеспечивающей выпуск безопасной и качественной продукции из гидробионтов;
- аквакультура и воспроизводство водных биологических ресурсов.