Руководитель - Мухин Вячеслав Анатольевич

Заместители руководителя филиала

Титов Олег Владимирович
Карсаков Алексей Леонидович

Ученый секретарь - Пестрикова Лариса Ивановна

Научно-организационный отдел

Отдел международного сотрудничества

Центр водных биоресурсов:

  • Лаборатория морских биоресурсов
  • Лаборатория биоресурсов внутренних водоемов
  • Отдел инструментального обеспечения исследований
  • Отдел морских млекопитающих

Центр экологического мониторинга:

  • Лаборатория промысловой океанографии 
  • Лаборатория гидробиологии
  • Лаборатория аквакультуры и болезней гидробионтов 
  • Лаборатория химико-аналитических исследований

Центр экспедиционных исследований:

  • Научно-экспедиционный отдел
  • Отдел безопасности мореплавания и и технической эксплуатации флота
    • Группа маломерного научно-исследовательского флота

Лаборатория нормативного обеспечения рыболовства

Отдел Северный (г.Архангельск):

  • Лаборатория прибрежных исследований
  • Лаборатория биоресурсов внутренних водоемов
  • Отдел технического обеспечения
    • Группа информационных технологий
    • Группа организации экспедиций
    • НЭБ "Соловки"

Отдел компьютерных технологий

Отдел кадров

Планово-экономический отдел

Правовая группа

Отдел делопроизводства

Группа по защите государственной тайны

Бухгалтерия

Центр материально-технического обеспечения

  • Отдел материально-технического обеспечения и закупок
    • Группа материально-технического обеспечения
    • Группа закупок
  • Эксплуатационно-технический отдел
  • НЭБ Ура-губа, Варзуга, Палкина, Кислая